海南热带海洋学院档案馆成立于2012年3月，正处级建制，属学校教辅单位。具有档案管理和资源服务双重职能，依法对学校发展历史过程中形成的具有保存价值的文件材料、记录等实施管理职能，向校内各单位、师生员工及社会公众提供馆藏档案资源的查询和利用服务。

档案馆位于学校综合行政楼六楼，建筑面积418平方米，其中库房238平方米。档案馆下设综合办公室、收整室、利用室。现有在编在岗人员5人，高级职称2人，中级职称1人，初级职称2人。

馆藏档案采用实体分类法，四个全宗，分别是通什师范专科学校、通什教育学院、海南省民族师范学校和海南热带海洋学院。11个门类，分别是党群类、行政类、教学类、科研类、外事类、基建类、财会类、出版类、声像类、仪器设备类、实物类。截止到2022年12月，归档纸质档案7719卷、36337件，实物档案912件，照片档案3459张，著录条目52630条，数字化档案23221件。