海南热带海洋学院档案馆成立于2012年3月，正处级建制，属学校直属业务单位。具有档案管理和资源服务双重职能，依法对学校发展历史过程中形成的具有保存价值的文件材料、记录等实施管理职能，向校内各单位、师生员工及社会公众提供馆藏档案资源的查询和利用服务。

档案馆位于学校东盟楼二楼，总建筑面积900多平方米，其中库房690平方米。档案馆下设综合办公室、收整室、利用室。现有在编在岗人员6人，高级职称2人，初级职称4人。

馆藏档案共有四个全宗：海南民族师范学校、通什师范专科学校、通什教育学院和海南热带海洋学院。馆藏档案共有十一个门类，分别是党群类、行政类、教学类、科研类、外事类、基建类、财会类、出版类、声像类、仪器设备类、实物类。截止到2024年12月，纸质档案8737卷、46080件，实物档案987件，照片档案3638张，著录条目63127条，数字化档案1399卷/25336件。